Nie trzeba zabijać małża, by wydobyć jego perłę, ale wymaga to odrobiny cierpliwości i techniki. Naturalne perły są przypadkowymi wytworami dzikich małży (perłopławów z rodzajów Pteria i Pinctada), rzadziej ślimaków czy innych mięczaków, żyjących w ciepłych oceanach. Powstanie perły jest w naturze zjawiskiem niezwykle rzadkim. Perłę słonowodną można znaleźć w 1 na około 10 tysięcy dziko żyjących perłopławów.
Obecnie zdecydowana większość naturalnych pereł na rynku pochodzi z odzysku lub z dawnych zapasów. Zatoka Perska jest współcześnie jednym z ostatnich miejsc na świecie, gdzie odbywa się połów małży perłorodnych, choć głównie jako hobby. Perły naturalne są także znajdowane jako produkt uboczny podczas połowu małży w celach konsumpcyjnych oraz pozyskiwania muszli do dalszego wykorzystania.